CHINA

Resultados:

Revisan el impacto de la variación genómica de COVID-19 en ensayos de detección de reacción en cadena de polimerasa (PCR) cuantitativa en tiempo real publicados.

La PCR es un método eficaz en la prevención y control de la pandemia por COVID-19. Existen varios juegos de cebadores para la PCR y se debe tener presente que el genoma de COID-19 ha evolucionado durante el brote.

Si las variaciones del virus se ubicaran en las regiones de los cebadores, la fiabilidad de la prueba se reduciría, causando nuevos falsos negativos con un impacto importante en el diagnóstico y control del brote. Investigan la variación del genoma de COVID-19 para evaluar la fiabilidad de los métodos de PCR actuales.

Analizan 77 secuencias del genoma público de COVID-19 de GISAID (Iniciativa que promueve el intercambio internacional de todas las secuencias del virus de la influenza, datos clínicos y epidemiológicos relacionados con virus humanos y datos geográficos y específicos de especies asociados con virus aviar y de otros animales, para ayudar a los investigadores a comprender cómo evolucionan y se propagan los virus y potencialmente convertirse en pandemias. [https://www.gisaid.org/]).

Se identificaron 85 variantes de un solo nucleótido. De ellas, 7 fueron compartidas por dos secuencias de COVID-19 y 9 en 3 ó más secuencias.

Los ensayos publicados mostraban 13 juegos de cebadores diseñados por 8 instituciones para amplificar diferentes genes (nucleocápside, envoltura, espículas, etc).

Los cebadores 3 y 6 tenían una falta de coincidencia con todas las secuencias lanzadas de COVID-19. En los cebadores 7, 8 y 9 se observaron variaciones. Estas variaciones pueden afectar la fiabilidad de la detección de la prueba por PCR.

Estos 3 cebadores que contienen variantes, se ubican en el gen N (de la nucleocápside).

 

Conclusiones:

El uso de cualquiera de los 5 cebadores anteriores para detectar COVID-19 puede causar resultados falsos negativos.

Entre los 5, dos tienen desajustes y 3 contienen algunas variantes del genoma que ocurrieron durante el brote.

Las regiones conservadoras de COVID-19 como el gen “nsp12 (RdRp)”, serían los objetivos principales preferibles, aunque la designación de objetivos múltiples reduce los resultados falsos negativos.

Se debe mantener la vigilancia continua sobre las variantes del genoma de COVID-19 y sus efectos sobre los resultados de estudios con pruebas diagnósticas mediante PCR.

 

Referencias bibliográficas:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32221132

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